SIMA-Phosphoramidit, 6-Isomer (Hydroxyprolinol)
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SIMA-Phosphoramidit (Hydroxyprolinol), das 6-Isomer, enthält den Xanthenfarbstoff Dichlordiphenylfluorescein (SIMA), der in seinen spektralen Eigenschaften HEX ähnlich ist. Der SIMA-Phosphoramidit ist aber deutlich stabiler, wenn er unter basischen Bedingungen unter Verwendung einer wässrigen Ammoniaklösung bei erhöhten Temperaturen oder mit Hilfe von AMA (Mischung 1:1, konzentriertes wässriges Ammoniak / 40 % wässriges Methylamin) bei Raumtemperatur für 2 Stunden oder 65°C für 10 Minuten entschützt wird.
Dieser Modifikator basiert auf Hydroxyprolinol sowie einer Dimethoxytrityl-Schutzgruppe zur Reinigung auf Umkehrphasen-HPLC, C18-Kartuschen.
Anwendungshinweise:
Kondensation: 3 Minuten.
Entschützung: Standardbedingungen unter Verwendung von 25% Ammoniak; die Entschützungszeit wird durch den Satz Nukleinbasen und deren Schutzgruppen bestimmt. Die Verwendung von AMA (1:1-Mischung, konzentriertes wässriges Ammoniak/40 % wässriges Methylamin) für 2 Stunden bei Raumtemperatur oder 10 Minuten bei 65 °C ist möglich.
Bei der Entschützung mit wässrigem Ammoniak bei 55°C über Nacht ist an das Oligonukleotid gebundenes SIMA stabil.
Absorptions- und Emissionsspektren von SIMA
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| Erscheinungsform: | weiß Puder |
| Molekülmasse: | 1480,52 |
| Molekülformel: | C84H89Cl2N4O14P |
| IUPAC-Name: | 6-((6-(2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-(((2-cyanoethoxy)(diisopropylamino)phosphaneyl)oxy)pyrrolidin-1-yl)-6-oxohexyl)carbamoyl)-4,7-dichloro-3-oxo-2',7'-diphenyl-3H-spiro[isobenzofuran-1,9'-xanthene]-3',6'-diyl bis(2,2-dimethylpropanoate) |
| Löslichkeit: | gut in Acetonitril und DCM |
| Qualitätskontrolle: | NMR 1H and 31P, HPLC-MS (95%) |
| Lagerungsbedingungen: | 12 Monate nach Wareneingang bei −20 °C im Dunkeln. Transport: bei Raumtemperatur bis zu drei Wochen. Längere Lichteinwirkung vermeiden. Trocken lagern. |
| Sicherheitsdatenblatt: | herunterladen |
| Product specifications |
Spektrale Eigenschaften
| Anregungs-/Absorptionsmaximum / nm: | 531 |
|
ε |
92300 |
| Emissionsmaximum / nm: | 555 |
| Fluoreszenz-Quantenausbeute: | 0.63 |
| CF260: | 0.57 |
| CF280: | 0.18 |
| Verdünnungsmittel: | Acetonitril |
| Kopplungsbedingungen: | 3 Minuten empfohlen |
| Schutzgruppen entfernen: | identisch zu geschützten Nukleinbasen |
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