JOE-Phosphoramidit, 6-Isomer

JOE Oligonukleotidsynthese Phosphoramidite
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JOE-Phosphoramidit für die Synthese von Oligonukleotiden, reines 6-Isomer (6-JOE).

JOE ist ein Fluorescein-Derivat mit zwei Chloratomen und zwei Methoxygruppen. Mit seinem Absorptionsmaximum bei 503 nm und dem Emissionsmaximum bei 525 nm liegt der Fluorophor spektral zwischen FAM und TAMRA/ROX und wird deshalb häufig in Multiplex-Anwendungen eingesetzt, unter anderem in der DNA-Sequenzierung.

Sie finden in unserem Katalog auch das 5-Isomer des JOE-Phosphoramidits. In einer qPCR haben wir Sonden mit den beiden JOE-Isomeren (5-JOE und 6-JOE) verglichen und dabei keine wesentlichen Unterschiede festgestellt.

Anwendungsempfehlungen:

Kopplungszeit: 6 Minuten.

Das Entschützen erfolgt unter Standardbedingungen mit Ammoniak; die Dauer hängt dabei von den vorliegenden Nukleinbasen und ihren Schutzgruppen ab (das Entschützen für 17 Stunden bei 55 °C entfernt alle Schutzgruppen von den Standardnukleinbasen). Alternativ kann man dafür auch AMA verwenden, eine 1:1-Mischung aus 30%igem Ammoniak und 40%igem wässrigem Methylamin. Dabei entsteht allerdings zu 5 % ein nicht fluoreszierendes Nebenprodukt. Um die Entstehung dieses Nebenprodukts zu vermeiden, beginnen Sie das Entschützen zunächst nur mit 30%igem Ammoniak (30 Minuten bei Raumtemperatur), fügen Sie dann dasselbe Volumen an 40%igem wässrigem Methylamin hinzu und setzen Sie das Entschützen wie mit AMA gewohnt fort (beispielsweise 10 Minuten bei 65 °C).

JOE-Phosphoramidit, 6-Isomer, F2160
JOE-Phosphoramidit, 6-Isomer, F2160
JOE-Phosphoramidit, 6-Isomer, F2160
Struktur von 6-JOE-phosphoramidit
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Absorptions- und Emissionsspektren von JOE

Absorptions- und Emissionsspektren von JOE

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Allgemeine Eigenschaften

Erscheinungsform: weißer Feststoff
Molekülmasse: 972.88
Molekülformel: C48H60N3Cl2O12P
Löslichkeit: gut löslich in Acetonitril und DCM
Qualitätskontrolle: NMR 1H und 31P, HPLC-MS
Lagerungsbedingungen: Lagerung: 12 Monate nach Wareneingang bei −20 °C im Dunkeln. Transport: bei Raumtemperatur bis zu drei Wochen. Längere Lichteinwirkung vermeiden. Trocken lagern.
Sicherheitsdatenblatt: herunterladen
Product specifications

Spektrale Eigenschaften

Anregungs-/Absorptionsmaximum / nm: 533
ε / L⋅mol−1⋅cm−1: 75000
Emissionsmaximum / nm: 554
Fluoreszenz-Quantenausbeute: 0.61
CF260: 0.36
CF280: 0.28

Verdünnungsmittel: Acetonitril
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