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FAM-dT-Phosphoramidit

Dieses Phosphoramidit dient dem Einbau der FAM-Modifikation an einer beliebigen Stelle eines Oligonukleotids während Phosphoramidit-Synthese (intern, am 5’-Ende, dem 3’-Ende). Dieses Reagenz ist ein Konjugat aus Desoxythymidinphosphoramidit und dem 6-Isomer des Fluorophors FAM. Die Modifikation erfolgt während der Oligonukleotidsynthese, indem Standard-dT-Phosphoramidit durch FAM-dT-Phosphoramidit ersetzt wird. Die Exonuklease- sowie Polymeraseaktivität werden dabei nicht unterdrückt.

Für die 5’-Markierung von Oligonukleotiden nutzen Sie das 6-Isomer des Fluorescein-phosphoramidits.

Anwendungsempfehlungen:

Kopplungszeit: 10 Minuten.

Das Entschützen erfolgt unter Standardbedingungen mit Ammoniak; die Dauer hängt dabei von den vorliegenden Nukleinbasen und ihren Schutzgruppen ab (das Entschützen für 17 Stunden bei 55 °C entfernt alle Schutzgruppen von den Standardnukleinbasen). Alternativ kann man dafür auch AMA verwenden, eine 1:1-Mischung aus 30%igem Ammoniak und 40%igem wässrigem Methylamin. Dabei entsteht allerdings zu 5 % ein nicht fluoreszierendes Nebenprodukt. Um die Entstehung dieses Nebenprodukts zu vermeiden, beginnen Sie das Entschützen zunächst nur mit 30%igem Ammoniak (30 Minuten bei Raumtemperatur), fügen Sie dann dasselbe Volumen an 40%igem wässrigem Methylamin hinzu und setzen Sie das Entschützen wie mit AMA gewohnt fort (beispielsweise 10 Minuten bei 65 °C).