FAM-dT-Phosphoramidit

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Dieses Phosphoramidit dient dem Einbau der FAM-Modifikation an einer beliebigen Stelle eines Oligonukleotids während Phosphoramidit-Synthese (intern, am 5’-Ende, dem 3’-Ende). Dieses Reagenz ist ein Konjugat aus Desoxythymidinphosphoramidit und dem 6-Isomer des Fluorophors FAM. Die Modifikation erfolgt während der Oligonukleotidsynthese, indem Standard-dT-Phosphoramidit durch FAM-dT-Phosphoramidit ersetzt wird. Die Exonuklease- sowie Polymeraseaktivität werden dabei nicht unterdrückt.

Für die 5’-Markierung von Oligonukleotiden nutzen Sie das 6-Isomer des Fluorescein-phosphoramidits.

Anwendungsempfehlungen:

Kopplungszeit: 10 Minuten.

Das Entschützen erfolgt unter Standardbedingungen mit Ammoniak; die Dauer hängt dabei von den vorliegenden Nukleinbasen und ihren Schutzgruppen ab (das Entschützen für 17 Stunden bei 55 °C entfernt alle Schutzgruppen von den Standardnukleinbasen). Alternativ kann man dafür auch AMA verwenden, eine 1:1-Mischung aus 30%igem Ammoniak und 40%igem wässrigem Methylamin. Dabei entsteht allerdings zu 5 % ein nicht fluoreszierendes Nebenprodukt. Um die Entstehung dieses Nebenprodukts zu vermeiden, beginnen Sie das Entschützen zunächst nur mit 30%igem Ammoniak (30 Minuten bei Raumtemperatur), fügen Sie dann dasselbe Volumen an 40%igem wässrigem Methylamin hinzu und setzen Sie das Entschützen wie mit AMA gewohnt fort (beispielsweise 10 Minuten bei 65 °C).

Absorptions- und Emissionsspektren von FAM

Absorptions- und Emissionsspektren von FAM

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JOE-Phosphoramidit, 6-Isomer

Phosphoramidit des Farbstoffs JOE für die Synthese modifizierter Oligonukleotide. Die Absorptions- und Emissionsmaxima des Farbstoffs JOE liegen zwischen denen von FAM und TAMRA/ROX.
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Alkyne dT phosphoramidite

Phosphoramidite modifier for the synthesis of oligonucleotides containing alkyne modification in the middle of the chain.
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Allgemeine Eigenschaften

Erscheinungsform: gebrochen weißer Feststoff
Molekülmasse: 1423.54
Molekülformel: C79H87N6O17P
Löslichkeit: gut in Acetonitril, DCM
Qualitätskontrolle: NMR 1H, NMR 31P, HPLC-MS
Lagerungsbedingungen: Lagerung: 12 Monate nach Wareneingang bei −20 °C im Dunkeln. Transport: bei Raumtemperatur bis zu drei Wochen. Längere Lichteinwirkung vermeiden. Trocken lagern.
Sicherheitsdatenblatt:: herunterladen
Product specifications

Spektrale Eigenschaften

Anregungs-/Absorptionsmaximum / nm: 490
ε / L⋅mol−1⋅cm−1: 80000
Emissionsmaximum / nm: 513
Fluoreszenz-Quantenausbeute: 0.93
CF260: 0.20
CF280: 0.17

Verdünnungsmittel: Acetonitril
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