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Amino-11-UTP

Amino-UTP ist ein Uridintriphosphat mit einer Aminogruppe, das dem enzymatischen Einbau der Aminogruppe in die RNA während einer in vitro Transkription unter Verwendung von T7-, T3- und SP6-RNA-Polymerasen dient. In einer enzymatischen Reaktion wird aminomodifizierte RNA erzeugt, deren Aminogruppen anschließend mit aminreaktiven Reagenzien wie NHS-Ester der Fluoreszenzfarbstoffe oder des Biotins konjugiert werden können.

Die Aminogruppe ist durch einen langen C11-Linker von Uridin getrennt. Er ist länger als der häufig eingesetzte C3-Allyllinker und verhindert daher eine mögliche statische Fluoreszenzlöschung nach der Modifizierung von Aminogruppen der RNA. Die RNA-Synthese mit Amino-11-UTP verläuft fast genauso effizient wie die Synthese mit unmodifizierten Nukleotidtriphosphaten.

Der Einbau von Amino-11-UTP mit anschließender Markierung von Aminogruppen wird für die Synthese der cRNA und Microarray-Analyse verwendet.