FAM-11-dUTP, 6-Isomer

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6-FAM-11-2’-desoxyuridin-5’-triphosphat, Trilithiumsalz, ist eine gebräuchliche Verbindung für die nicht-radioaktive DNA-Markierung.

FAM (Fluorescein) ist ein beliebter grün emittierender Farbstoff mit dem Fluoreszenzmaximum bei 513 nm. Bei diesem Derivat handelt es sich um ein reines FAM-6-Isomer.

6-FAM-11-dUTP ist ein modifiziertes Triphosphat, welches an Stelle von dTTP durch verschiedene Enzyme wie Klenow-Fragment, Taq-Polymerase, DNA-Polymerase I, Phi 29-Polymerase, reverse Transkriptase oder terminale Transferase in die DNA eingebaut werden kann.

Im Gegensatz zu Triphosphaten mit einem unmittelbar an Aminoallyl-dUTP gebundenen Farbstoff enthält dieses Triphosphat einen 11-atomigen Linker zwischen dem Fluorophor und der Stickstoffbase. Diese Linkerlänge verhindert ein mögliches statisches Quenching der FAM-Modifikation und erhöht die Effizienz des Nukleotideinbaus während der DNA-Synthese.

Man kann mit 6-FAM-11-dUTP ein markiertes Produkt während der PCR und cDNA-Synthese sowie markierte DNA-Sonden mittels random priming oder Nick-Translation erzeugen. Synthetisierte fluoreszenzmarkierte DNA-Sonden können zum Nachweis spezifischer Sequenzen durch Southern Blot, Northern Blot, in situ-Hybridisierung oder durch Microarray-Analyse verwendet werden.

Absorptions- und Emissionsspektren von FAM

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Allgemeine Eigenschaften

Erscheinungsform: gelber bis grüner Feststoff
Molekülmasse: 1013.49
Molekülformel: C39H39N4Li3O21P3
IUPAC-Name: ((2R,3S,5R)-5-(5-(3-(6-(3-carboxy-4-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)benzamido)hexanamido)prop-1-yn-1-yl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl hydrogen triphosphate
Löslichkeit: löslich in Wasser
Qualitätskontrolle: HPLC-MS (95%), Funktionstest in Reaktion
Lagerungsbedingungen: Lagerung: 12 Monate nach Wareneingang bei −20 °C im Dunkeln. Transport: bei Raumtemperatur bis zu drei Wochen. Längere Lichteinwirkung und wiederholte Frier-Tau-Zyklen vermeiden.
Sicherheitsdatenblatt:: herunterladen
Product specifications

Spektrale Eigenschaften

Anregungs-/Absorptionsmaximum / nm: 490
ε / L⋅mol−1⋅cm−1: 80000
Emissionsmaximum / nm: 513
Fluoreszenz-Quantenausbeute: 0.93
CF260: 0.20
CF280: 0.17
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