SIMA-Phosphoramidit, 6-Isomer

SIMA (Dichlordiphenylfluorescein) Oligonukleotidsynthese Phosphoramidite
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SIMA (Dichlordiphenylfluorescein) ist ein Xanthen-Farbstoff mit ähnlichen spektralen Eigenschaften wie HEX, jedoch mit einer besseren Quantenausbeute. SIMA ist auch stabiler beim Entschützen unter basischen Bedingungen, so dass der Vorgang mit wässrigem Ammoniak bei erhöhten Temperaturen oder alternativ mit AMA (eine 1:1-Mischung aus konzentriertem wässrigem Ammoniak/40%igem wässrigem Methylamin) bei Raumtemperatur für 2 Stunden bzw. bei 65°C für 10 Minuten durchgeführt werden kann. Beim Entschützen mit einer wässrigen Ammoniaklösung bei 55°C über Nacht wird das an Nukleotide gebundene SIMA nicht abgebaut während für HEX ein Abbau des Fluorophors um mindestens 10% zu verzeichnen ist.

Mit Hilfe von SIMA-Phosphoramidit stellt man in der Oligonukleotidsynthese fluoreszenzmarkierte Primer und Hybridisierungssonden für die qPCR zu her.

Anwendungsempfehlungen:

Kopplungszeit: 3 Minuten.

Das Entschützen erfolgt unter Standardbedingungen mit 25%igem Ammoniak; die Dauer hängt dabei von den vorliegenden Nukleinbasen und ihren Schutzgruppen ab. Alternativ kann man dafür auch AMA verwenden, eine 1:1-Mischung aus konzentriertem wässrigem Ammoniak und 40%igem wässrigem Methylamin, 2 Stunden bei Raumtemperatur oder 10 Minuten bei 65°C.

SIMA-Phosphoramidit, 6-Isomer, FE260
Struktur von SIMA Phosphoramidit, 6-Isomer
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Absorptions- und Emissionsspektren von SIMA

Absorptions- und Emissionsspektren von SIMA

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Allgemeine Eigenschaften

Erscheinungsform: weißes Puder
Gewichtsspezifisches M+-Inkrement: 757.1
Molekülmasse: 1065.02
CAS-Nummer: 1411797-05-1
Molekülformel: C58H64N3Cl2O10P
Löslichkeit: gut löslich in Acetonitril und Dichlormethan
Qualitätskontrolle: NMR 1H and 31P, HPLC-MS (95%)
Lagerungsbedingungen: 12 Monate nach Wareneingang bei −20 °C im Dunkeln. Transport: bei Raumtemperatur bis zu drei Wochen. Längere Lichteinwirkung vermeiden. Trocken lagern.
Sicherheitsdatenblatt: herunterladen
Product specifications

Spektrale Eigenschaften

Anregungs-/Absorptionsmaximum / nm: 531
ε / L⋅mol−1⋅cm−1: 92300
Emissionsmaximum / nm: 555
Fluoreszenz-Quantenausbeute: 0.63
CF260: 0.57
CF280: 0.18

Verdünnungsmittel: Acetonitril
Kopplungsbedingungen: 3 Minuten empfohlen
Schutzgruppen entfernen: identisch zu geschützten Nukleinbasen
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